Il est possible de compiler des bibliothèques Agar natives avec Cygwin. Si le script d'autoconfiguration d'agar détecte un environnement Cygwin, il ajoutera automatiquement l'option -mno-cygwin au compileur, de façon à ce que les bibliothèques compilées soient indépendantes de Cygwin.

1. Exécutez l'installateur Cygwin, en activant au moins les paquets suivants:
   • Devel / gcc-mingw
   • Devel / mingw-runtime
   • Devel / make
   • Devel / libfreetype2 (optional but highly recommended)
   • Graphics / libjpeg-devel (optional)
   • Interpreters / perl (optional, for concurrent builds and release engineering)

2.   $ tar -xzf SDL-1.2.x.tar.gz
     $ cd SDL-1.2.x
     $ ./configure && make && make install
   

3. Il est maintenant possible de compiler et installer Agar.